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机构设置

党政职能部门
党委办公室、校长办公室、校董会办公室、校友会办公室（安全稳定工作领导小组办公室）	纪委办公室、监察专员办公室	党委组织部（人才办）、党校、机关党委	党委宣传部（意识形态工作领导小组办公室）
党委统战部	学生工作部、学生处	团委	工会
人事处（名医管理办公室）	教务处	研究生院（学位办公室）	科技处（学术委员会办公室、学科建设办公室）
发展规划处	对外合作发展办公室、国际合作交流处、港澳台事务办公室	信息化建设管理处（网络安全和信息化领导小组办公室）	计划财务处
审计处	后勤保障处（北校区管理办公室）	保卫处（武装部）	国有资产管理处、采购招标管理办公室
基建处	离退休工作处
直属单位
教师发展中心	高教研究中心/教学质量监控与评价中心	图书馆	杂志社
制药厂	医史博物馆
教学科研单位
马克思主义学院	体育部	基础医学院	第一临床医学院（中医系、中西医临床医学系）
第二临床医学院（临床医学系）	药学院	针灸推拿学院	医学技术学院
护理学院	公共卫生学院	人文管理学院	外语学院
国际教育学院	继续教育学院	陕西省中药资源产业化协同创新中心	针药结合创新研究中心
医学科研实验中心	整合医学研究院	国医大师研究院（张学文国医大师工作站、郭诚杰国医大师工作站）	中医药文化研究院
附属医院
陕西中医药大学附属医院		陕西中医药大学第二附属医院
咸阳市第一人民医院		咸阳市中心医院
西安市中医医院		宝鸡市中医医院
西电集团医院		银川市中医医院
安康市中医医院		铜川矿务局中心医院
宝鸡市中心医院		西安市第五医院
西安中医脑病医院		延安市中医医院
兵器工业五二一医院		陕西省第四人民医院
庆阳市中医医院		商洛市中医医院
汉中市人民医院		榆林市中医医院
西安大兴医院		西安市胸科医院
陕西省结核病防治院		威海市中医院
宝鸡市高新人民医院		咸阳彩虹医院
渭南市中心医院		榆林市第二医院
宝鸡市妇幼保健医院		西安工会医院